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I ricercatori hanno selezionato i 20 geni più significativi che conferiscono resistenza a ciascun farmaco e hanno descritto in modo più approfondito le dimensioni dell’effetto e le variazioni all’interno di questi geni specifici.
Una massiccia analisi di oltre 10.000 diversi batteri isolati di Mycobacterium tuberculosis provenienti da 23 paesi ha rivelato nuovi geni associati alla resistenza a 13 antibiotici nuovi e riproposti in prima e seconda linea.
Il lavoro, svolto da Comprehensive Resistance Prediction for Tuberculosis: an International Consortium (CRyPTIC), è descritto in due nuovi articoli pubblicati l’11 agosto sulla rivista PLOS Biology.
La tubercolosi è una malattia curabile e prevenibile; L’85% delle persone colpite può essere trattato con successo con un regime di farmaci di sei mesi.
Nonostante questo, la tubercolosi ha ucciso più persone di altre malattie infettive in molti anni recenti e la tubercolosi resistente ai farmaci è una minaccia continua. Una migliore comprensione delle varianti di M. tuberculosis che conferiscono resistenza agli antibiotici è importante sia per un migliore monitoraggio dei ceppi resistenti, sia per lo sviluppo di nuovi farmaci.
Nel primo nuovo articolo, i ricercatori hanno descritto come hanno assemblato un compendio di dati ad accesso aperto di 12.289 batteri isolati di tubercolosi M., elaborati nei laboratori partner di CRyPTIC in tutto il mondo.
Ogni isolato è stato sequenziato e quindi testato su una griglia ad alto rendimento con concentrazioni variabili di 13 antimicrobici.
Dei campioni inclusi nel compendio, 6.814 erano resistenti ad almeno un farmaco, inclusi 4.685 campioni resistenti a più farmaci o al trattamento di prima linea con rifampicina.
Nel secondo articolo, il consorzio ha presentato i risultati di uno studio di associazione a livello di genoma (GWAS) utilizzando i dati su 10.228 isolati di tubercolosi M. Per tutti i 13 farmaci, il gruppo ha scoperto varianti non catalogate associate ad aumenti significativi della concentrazione minima inibitoria, la concentrazione più bassa di un antibiotico che blocca la crescita di M. tuberculosis.
L’analisi di questa concentrazione, piuttosto che un risultato binario resistente o non resistente, ha permesso l’identificazione di varianti che causano solo sottili cambiamenti nella risposta agli antibiotici che possono essere superati aumentando la dose del farmaco.
I ricercatori hanno selezionato i 20 geni più significativi che conferiscono resistenza a ciascun farmaco e hanno descritto in modo più approfondito le dimensioni dell’effetto e le variazioni all’interno di questi geni specifici.
Insieme, i documenti non solo scoprono geni specifici che possono essere seguiti per comprendere meglio il panorama di resistenza di M. tuberculosis, ma anche un quadro per studi futuri sul patogeno.
”Il compendio non è progettato per misurare la prevalenza o stimare i tassi di errore del mondo reale degli strumenti di previsione della resistenza; piuttosto serve come risorsa per accelerare lo sviluppo diagnostico della resistenza antimicrobica arricchendo i cataloghi delle mutazioni per la previsione della resistenza, migliorando la nostra comprensione dei meccanismi genetici della resistenza e identificando importanti lacune diagnostiche e modelli di resistenza ai farmaci “, dicono gli autori. “Il compendio dei dati è completamente open source e si spera che faciliterà e ispirerà la ricerca futura per gli anni a venire”.
