Sequenziamento dell’RNA delle cellule del liquido amniotico per la diagnosi prenatale

È stato scoperto che il sequenziamento dell’RNA aumenta la resa diagnostica di malattie rare prima della nascita dal 10% al 36%.

 

 

 

Un team di ricerca clinica dell’Università di Hong Kong (HKUMed) ha utilizzato le cellule del liquido amniotico ottenute durante le 16-24 settimane di gravidanza come nuovo tipo di campione per il sequenziamento dell’RNA nella diagnosi prenatale per aiutare più famiglie con una gestione clinica su misura.

Questo è il primo studio per dimostrare la potenziale utilità clinica del sequenziamento dell’RNA delle cellule del liquido amniotico. I risultati sono stati pubblicati sulla rivista npj Genomic Medicine.

Le malattie rare sono di solito di origine genetica. Sebbene individualmente rare, collettivamente sono risultate essere 1 su 67 nella popolazione di Hong Kong, sulla base del precedente studio del team.

L’identificazione della causa genetica nelle malattie rare può fornire una consulenza accurata per una migliore gestione clinica e la futura pianificazione della gravidanza, che è essenziale per supportare i pazienti. Le attuali tecnologie per la diagnosi prenatale sono in gran parte basate sul DNA, con una grande percentuale (60-70%) che rimane non diagnosticata, portando a incertezza clinica e ansia dei genitori.

Recentemente, è stato scoperto che il sequenziamento dell’RNA aumenta la resa diagnostica dal 10% al 36%; Tuttavia, nessuno di questi studi si è concentrato sulla diagnosi prenatale.

Inoltre, nonostante la disponibilità di un ampio database ben consolidato che cataloghi il profilo di espressione genica di diversi tessuti per adulti, mancano set di dati simili disponibili al pubblico per le cellule del liquido amniotico che riflettano lo stadio embriologico e fetale. Sono quindi necessari ulteriori studi e ricerche sul sequenziamento dell’RNA in ambito prenatale.

Il team di ricerca ha dimostrato la potenziale utilità clinica del sequenziamento dell’RNA delle cellule del liquido amniotico. Una linea di base per il profilo di espressione genica delle cellule del liquido amniotico è stata stabilita eseguendo il sequenziamento dell’RNA su oltre 50 campioni di liquido amniotico.

La definizione del profilo di espressione genica è stato un passo essenziale nell’applicazione del sequenziamento dell’RNA all’attuale flusso di lavoro di diagnosi clinica selezionato.

I ricercatori hanno scoperto che il numero di geni ben espressi nelle cellule del liquido amniotico era paragonabile ad altri tessuti clinicamente accessibili comunemente usati per la diagnosi genetica in diverse categorie di malattie.

Il team di ricerca ha anche confrontato i dati di sequenziamento dell’RNA di quattro feti affetti con anomalie congenite strutturali con la linea di base stabilita per rilevare potenziali valori anomali.

In collaborazione con l’Università tecnica di Monaco di Baviera in Germania, è stata adattata una pipeline bioinformatica per migliorare il rilevamento di valori anomali per analisi successive.

Ulteriori analisi approfondite hanno mostrato che i valori anomali possono essere identificati nei geni associati alle corrispondenti anomalie congenite strutturali in tutti e quattro i feti affetti. L’identificazione dei valori anomali fornisce ulteriori prove a livello di RNA per aiutare la diagnosi.

I risultati di questo studio hanno implicazioni significative nella risoluzione delle malattie rare non diagnosticate a Hong Kong. È la prima volta che il sequenziamento dell’RNA delle cellule del liquido amniotico fornisce una potenziale utilità clinica nella diagnosi prenatale in letteratura. Con l’identificazione della causa genetica, è possibile la medicina di precisione come la gestione clinica su misura e la diagnosi genetica preimpianto per le famiglie con storia familiare.